SEAFDEC / AQD fue creada en 1973 para realizar investigaciones, desarrollar tecnologías, difundir información y capacitar en la cría de peces, crustáceos, moluscos y algas marinas para la alimentación, medios de vida, la equidad y el desarrollo sostenible. 
 
Filipinas, como anfitrión, brinda AQD las instalaciones físicas y los fondos para las operaciones y los sueldos de los investigadores, científicos, y personal de servicio. La técnica de Filipinas y Administración (PTAC) para SEAFDEC es un comité especial de la Oficina del Secretario del Departamento de Agricultura. PTAC supervisa las operaciones de AQD.

AQD trabaja en estrecha colaboración con diversas universidades, escuelas de pesca, y agencias gubernamentales en las Filipinas. AQD también tiene fuertes vínculos con extranjeros de investigación y las instituciones académicas y organismos internacionales.